Der Klub entstand am 13. Februar 1948 aus dem von der Stadt Köln mit öffentlichen Mitteln geförderten Zusammenschluss der beiden Fußballvereine Kölner BC 01 und SpVgg Sülz 07. Ziel dieses Zusammenschlusses war es, für die Stadt Köln einen aus sportlicher sowie wirtschaftlicher Sicht attraktiven Verein zu erschaffen. Dieser Schritt verhinderte eine Pleite und war ein typisches Beispiel für „kölschen Klüngel“. Seit März 2002 ist der Profifußball (Erste Mannschaft und Regionalliga-Mannschaft) als 1. FC Köln GmbH & Co. KGaA ausgegliedert, in der der Verein das Stimmrecht besitzt.
Der Bundesliga-Gründungsverein mit langer Fußballhistorie ist aktueller dritter der 2. Fußball-Bundesliga und spielt als Aufsteiger wieder in der 1. Fußball-Bundesliga.